Обычно вы будете видеть их только в том случае, если первая строка была окончанием строки Unix (lf), но она также включает окончания строки DOS. Чтобы удалить их (и исправить файл), загрузите его снова, используя: e ++ ff = dos, затем: set ff = unix, затем запишите его.
В коде Java, если вы пишете текстовые данные вместо двоичных, используйте PrintStream и используйте print () и println (), которые добавляют правильное окончание строки для вашей системы.