Вы не можете выбрать узел без этого узла, содержащего его дочерние узлы.Такой «отбор» будет эквивалентен мутации.Вы можете создать новый XElement, который является копией, а затем изменить его: -
var desireElement = new XElement(existXElement.Where(w => (string)w.Attribute("title") == "Javascript").First());
desireElement.RemoveNodes();