Я бы попробовал две вещи:
Запустите код в интерактивном режиме. Например, откройте файл Rsource-2704 и запустите его строки одну за другой.
Если это не повторяет проблему или не представляется возможным, вы можете принять предложение или использование Джошуа Ульриха:
R CMD BATCH --vanilla Rsource-2704-quantmod.R out.log
, который будет запускать код в пакетном режиме и выводить обычные строки консоли в файл с именем out.log (вы можете называть его как угодно).