Многомерное масштабирование

Question

У меня есть матрица данных 5x14. Я использую MDS, чтобы получить карту восприятия. Я могу сделать MDS правильно и получить результат.

Но моя проблема в MDS - мы можем отобразить переменные строки или столбца. Можно ли отобразить переменную строки и столбца с помощью MDS.

Я использовал следующий код:

perp<-read.csv("E:\\Projects\\Combined_3.csv")
ads.dis<-dist(perp)
perp_mds <- cmdscale(ads.dis, k = 2,eig=TRUE)
x <- perp_mds$points[,1]
y <- perp_mds$points[,2]
plot(x,y, xlab = "Coordinate 1", ylab = "Coordinate 2", type = "n")
text(x,y, labels = rownames(perp))

Буду благодарен, если кто-нибудь поможет мне с кодированием.

С уважением, Ari

Answer 1

В общем, ответ - нет, не с cmdscale().Все, что cmdscale() знает, - это различие между объектами.В пакете vegan есть функция capscale(), которая представляет собой ограниченную версию анализа главных координат (PCoA или MDS), но может использоваться для обычного PCoA.Он может размещать как объекты, так и переменные на рисунке, похожем на биплот:объекты и переменные:

plot(rda(varespec))

или использование базовых функций R

mod2 <- prcomp(varespec)
biplot(mod2)

Или вы имели в виду неметрическую версию MDS?