Когда элемент удаляется из магазина, автоматически ли удаляются ссылки из всех документов, ссылающихся на отсутствующий элемент? Или у нас есть ситуация, похожая на неработающую ссылку на странице HTML?
Нет, ссылки не удаляются автоматически.
Ссылки - это просто метаданные, хранящиеся вместе с объектами, поэтому для поиска всех объектов, которые ссылаются на удаленный объект, вам необходимо пройти по всей базе данных, что нецелесообразно.