Вы действительно можете сделать переопределение шаблона только для файла в папке tmpl с именем default.php. Если вы хотите переопределить helper.php, вы по сути переписываете сам модуль. Это не обязательно плохо, просто скопируйте содержимое существующего файла helper.php в другой файл для резервного копирования и взломайте его. Недостатком этого является то, что если кто-то обновляет модуль, и вы устанавливаете это обновление, вам придется повторить свой взлом. Опять же, это не так сложно обойти. Просто бекап бэкап бэкап.
Еще несколько мыслей:
Вы также можете сделать следующее:
1) Скопируйте модуль в другую папку, также начиная с mod_, но с другим именем.
2) Измените XML-файл, вспомогательный файл, файл компонента (и любые другие необходимые), чтобы учесть новое имя. Также делайте все, что вы хотите в helper.php.
3) Зайдите в менеджер расширений и выполните обнаружение установки этого нового модуля.
4) Зайдите в менеджер модулей и создайте новый экземпляр нового модуля (используя ту же позицию, что и старый).
5) Отмените публикацию заменяемого вами модуля
Это защитит вас от потери обновлений.