Я последовал предложению Рехтара.
У меня была похожая проблема.Панель проекта Notepad ++ не обновляется, когда я изменяю или создаю новые файлы.В итоге я скачал плагин проводника через
PLUGINS> PLUGIN MANAGER> SHOW PLUGIN MANAGER
Затем установите плагин проводника.
После установки перейдите в PLUGINS>EXPLORER и выберите проводник.
Это на самом деле не сравнимо с чем-то вроде навигации по проекту Eclipse.