Почему бы не хранить и не сравнивать указатели таблиц
-(NSInteger)tableView:(UITableView *)tableView numberOfRowsInSection:(NSInteger)section {
if(tableView == myTableView1){
return [array1 count];}
else if(tableView == myTableView2){
return [array2 count];}
}
Сделайте то же самое с остальными методами делегата и источника данных.
Для этого просто добавьте 2 IBOutlets в ваш класс и подключите их в InterfaceBuilder к вашим таблицам.
@property (nonatomic, retain) IBOutlet UITableView* myTableView1;
@property (nonatomic, retain) IBOutlet UITableView* myTableView2;
Только не забудьте выпустить их в -dealloc: