Автономное Java-приложение уже запущено, поэтому параметры командной строки не обсуждаются.
Простейшие альтернативы - опрос файлов, сокетов и HTTP-сервера.
Опрос для файлов:
Сделайте ваше Java-приложение для чтения определенного каталога один раз в несколько секунд. Если файл появляется в этом каталоге, прочитайте его и сделайте так, как он говорит. Создайте скрипт оболочки для формирования этого файла.
Цоколь:
Сделать ваше приложение Java для прослушивания на сокете. Используйте netcat или аналогичную утилиту для отправки команд в этот сокет.
HTTP-сервер:
Запустите прослушиватель HTTP в процессе Java. Используйте wget или аналогичную утилиту для отправки ваших команд этому слушателю:
HttpServer httpServer = HttpServer.create(new InetSocketAddress(port), 5);
httpServer.createContext("/", new TileServerRequestHandler());
httpServer.setExecutor(Executors.newCachedThreadPool());
httpServer.start();