Текущий выпуск (0.5) не может этого сделать, но если вы извлекаете последнюю версию из «ствола», это может. Просто найдите что-то под названием «маркировка» в документации API:
http://code.google.com/p/flot/source/browse/trunk/API.txt
Я использую функцию маркировки, чтобы нарисовать вертикальную линию в день, когда что-то произошло. Например, вы могли бы нарисовать вертикальные линии в дни, когда вы отправили новое программное обеспечение на диаграмму, которая содержит показатели посещаемости сайта.