Я использую TortoiseMerge в течение многих лет, и это сообщение всегда появляется во время слияния. Не уверен, почему, но слияние работает, сохранение файла работает (считается, что вы сделали слияние) и, что наиболее важно, VS (или TF.EXE) забирает объединенный файл и запрашивает подтверждение, когда вы закончите. *
Наслаждайся: -)