РЕДАКТИРОВАТЬ Мой ответ будет работать только в том случае, если в DLL есть ссылка на фактически исполняемый файл EXE, что было бы довольно странно.
Попробуйте следующее
typeof(SomeTypeInMyProgram).Assembly.GetName().Version
Это вернет структуру Version, которую вы можете использовать для анализа версии MyProgram.exe.