Я полагаю, что некоторые сценарии запускаются при запуске оболочки. Терминал запускает оболочку входа? Есть ли SSH? Если они разные, то один запустит .bash_profile, а другой - нет. ИМХО, все интерактивные оболочки должны быть оболочками для входа в систему, но для графических терминалов это обычное явление. ssh всегда должен запускать оболочку входа в систему.
В качестве метода диагностики попробуйте запустить set
как в локальной оболочке, так и в оболочке ssh, и сравнить выходные данные; если они разные, это указывает на запуск другого набора скриптов.