Ваша ключевая функция для использования ISMEMBER .Используйте два выходных индекса:
[idxa, idxb] = ismember(a(:,1), b(:,1));
idxb(idxb==0) = [];
Тогда вы можете объединить
c = [a(idxa,:) b(idxb,:)];
Я надеюсь, что вы можете добавить фильтры и выбрать нужные столбцы самостоятельно.