Ваш вопрос немного расплывчатый. Есть ли разница? Какую разницу вы имеете в виду? Состав? Что вы подразумеваете под структурой?
aspnet_compiler делает то, что происходит во время выполнения в типичной конфигурации, но делает это во время компиляции, а не во время выполнения. Код, который он генерирует, в основном такой же, как и тот, который в итоге будет выполняться.
Однако есть еще сборник, который должен иметь место. aspnet_compiler, как и компиляторы cs или vb, компилируется только в байтовый код. Байт-код все еще должен быть скомпилирован с собственным кодом во время выполнения, если только вы не создадите его при установке.