Второй, безусловно, будет быстрее со значительной разницей, потому что в первом вы выполняете запрос для каждого удаления, а во втором вы отправляете только один запрос, а остальные СУБД обрабатывает остальные.
Вы можете выполнить вторую через Hibernate, HSQL.
Edit:
Кстати, если вы выполняете запрос «УДАЛИТЬ ОТ» для каждого идентификатора, он будет работать почти так же медленно, как и первый, за исключением того, что вы не будете перебирать целые записи сотрудников, что лучше :)
Используйте оператор SQL IN ()
"delete from Employee where Id IN(3,5,8,...);"
"delete from Employee where Id IN(SELECT Id FROM table...);"
Постарайтесь свести к минимуму количество выполнений SQL-запросов, а затем, если вы все еще не удовлетворены производительностью, попробуйте повысить производительность за счет улучшения самого запроса, а не части программирования.