Из документации PHP:
"Необходимо использовать кодировку UTF-8 для всех текстов в PHPExcel. Если сценарий использует другую кодировку, то можно конвертировать тексты с помощью функции PHP iconv ()."
Экранирование символов ничего не изменит, так как символы, которые не являются действительными символами UTF8, останутся недействительными.
Хотя вы можете выполнять преобразование набора символов при передаче данных в PHPExcel, я бы настоятельно рекомендовал переключить весь ваш проект на UTF8, поскольку работа с несколькими наборами символов в одном проекте не является хорошей проблемой.