Существует множество инструментов PDF, которые могут это сделать.Вы не говорите, какой язык или фреймворк, поэтому его трудно рекомендовать.
Вы также можете использовать Adobe Acrobat, если не хотите делать это программно.
Отказ от ответственности: Я работаюдля Atalasoft
В нашем DotImage Document Imaging Toolkit есть классы работы с PDF-страницами.Учебник здесь:
http://www.atalasoft.com/products/dotimage/white-papers/building-pdf-documents-with-dotimage
Показывает добавление страниц, но мы также поддерживаем удаление (и изменение порядка)