В applicationDidFinishLaunching
вы можете подумать что-то вроде
UINavigationController* navigationController = [[UINavigationController alloc] init];
UIViewController *controller = [[UIViewController alloc] initWithNibName:@"First" bundle:nil];
[ navigationController pushViewController:controller animated:NO];
[controller release];
[window addSubview:navigationController.view];
[window makeKeyAndVisible];
Конечно, это на самом деле зависит от того, что вы планируете делать ...