Скорее всего, вы не обязаны использовать Hibernate для создания / обновления схемы базы данных. Я предполагаю, что у вас есть что-то вроде этого в вашей конфигурации:
<property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="create-drop" />
Просто измените значение на «validate», внесите изменения в сопоставления и выполните инструкции ALTER TABLE отдельно.
Другой вариант - использовать «обновление», чтобы Hibernate выяснил, как обновить структуру таблицы. Я предлагаю держать его в руках и просто выполнить DDL SQL вручную.