Я написал легкую альтернативу MathJax, на http://mathscribe.com/author/jqmath.html
Включает входной синтаксис, более простой, чем LaTeX, в основном семантика представления MathML с синтаксисом текстовой строки Unicode. Этот синтаксис затем преобразуется с помощью JavaScript в MathML или простой HTML и CSS. Вы можете контролировать это преобразование из JavaScript.
Если это похоже на то, что вы хотите, я мог бы прокомментировать лучший способ встроить его в ваш проект.