Предполагая, что вы используете LOAD DATE INFILE для импорта из CSV, попробуйте использовать этот синтаксис:
LOAD DATA INFILE 'file_name'
IGNORE
INTO TABLE `tbl_name`
...
...
Ключевое слово IGNORE пропустит все строки в CSV, которые дублируют любую существующую строку в таблице, вызывая конфликтс уникальным ключом.Подробнее здесь .
Это будет быстрее и эффективнее, чем повторный импорт полного CSV.