Когда вы используете SWFObject, ваш целевой элемент (обычно это div) будет заменен на , созданный SWFObject.
Если вы удалите свой SWF, а затем попытаетесь встроить новый SWF, используя тот же идентификатор цели, вы обнаружите, что ваша цель больше не существует - больше нет элемента HTML с этим идентификатором.
Что вам нужно сделать, это использовать сценарий для воссоздания элемента перед попыткой выполнить второе встраивание.
Здесь есть учебник и пример на эту тему:
http://learnswfobject.com/advanced-topics/load-a-swf-using-javascript-onclick-event/
(см. «Замена загруженного SWF другим SWF»)