Грубо говоря, Magento создает для вас коллекцию заказов и пытается загрузить все записи. Эта коллекция имеет правило, позволяющее создавать только один объект заказа для каждого идентификатора, поэтому при загрузке дополнительного объекта выдается исключение.
Может быть проблема с левыми соединениями, но это трудно сказать. Не могли бы вы немного рассказать о том, как вы делаете вызов API? При неправильном соединении часто возникает эта проблема.
EDIT:
Если вы используете код по умолчанию, я думаю, что в базе данных есть ошибочные записи или это обновленная система Magento, которая в прошлом была неудачной. Попробуйте это на чистой копии вашей версии EE, указывающей на ту же базу данных. Если возникает та же проблема, вам может потребоваться указать в базе данных, чтобы найти причину проблемной загрузки данных. Поскольку у вас уже есть запрос, вы можете отделить части запроса, чтобы увидеть, возвращает ли какой-либо подзапрос слишком много данных.