Я исправил это, добавив фиктивный файл web.Template.config, как предложил Андрей К в этой записи , а затем вызвал TransformXml во время моего события BeforeBuild следующим образом:
<Target Name="BeforeBuild">
<TransformXml Source="$(WebFolderName)Web.Template.config"
Transform="$(WebFolderName)Web.$(Configuration).config"
Destination="$(WebFolderName)Web.config" />
</Target>