Проект Window Based Apllication часто используется для разработки универсальных приложений, то есть приложений, которые работают на устройствах iPad и iPhone.Для универсальных приложений вам понадобятся отдельные пользовательские интерфейсы для каждого устройства, соответствующие папки по умолчанию для хранения XIB для этих интерфейсов - это папки iPhone и iPad.