API-интерфейсы NativeProcess доступны только через среду выполнения Adobe AIR. Вы не можете использовать их в браузерном Flash-приложении.
Однако вы можете использовать их в приложении Flex, предназначенном для рабочего стола Adobe AIR. Подход ничем не отличается от не-Flex приложения, созданного для AIR.
Я пропустил тот факт, что ваш вопрос указан с использованием библиотек в проекте библиотеки Flex. У вас не должно быть проблем с использованием библиотек в проекте библиотеки Flex, если вы выбираете параметр «Включить библиотеки библиотеки» при создании проекта библиотеки во Flash Builder.