Можем ли мы использовать наши собственные библиотеки C # в приложениях в стиле metro, созданных с использованием html & win Js?
Да, вы можете.В следующем посте вы узнаете, как это сделать с помощью внешней библиотеки C # или C ++.
http://blendinsider.com/technical/creating-an-html-metro-style-app-that-references-c-and-c-code-2012-04-13/
Вы можете создавать новые библиотеки C # в качестве компонентов WinRT и вызывать их из JavaScript. В MSDN есть пошаговое руководство , которое является подходящим.