В Flash вы должны обратить внимание на то, что он не работает в браузере как таковой. Он работает на виртуальной машине, развернутой с флэш-средой выполнения (в браузерах это флэш-плагин).
Вы, так сказать, независимы от движка рендеринга браузеров, но браузер может ограничить ваши права на машину. Например, в Chrome вы не можете получить доступ к файловой системе без изменения настроек безопасности плагина.
Flash работает на всех этих платформах, как и Flex. В Wii я не уверен, но вы должны иметь возможность запускать один и тот же код в Linux, Windows и OSX без изменений.
Время работы Android-флэш-памяти довольно низкое, поэтому при разработке для телефона вы должны дважды подумать, прежде чем сходить с ума от анионов и т.п.
Самая большая визуальная проблема, с которой вы столкнетесь, это системные шрифты. Шрифты по умолчанию в системах различаются, и поэтому ваше приложение может отличаться по внешнему виду