Проблема, которую я считаю, состоит в том, что application/bootstrap.php является частью вашего хранилища. .gitignore обычно используется для игнорирования файлов, которые не являются частью вашего хранилища.
Как говорится на странице руководства gitignore:
Чтобы игнорировать незафиксированные изменения в файле, который уже отслежен, используйте
git update-index --assume-unchanged.