Вам это нужно на уровне базы данных или это требуется только приложением? Вы можете добавить нули на уровне приложения:
class MyEntity {
public function getSomeColumn() {
return sprintf('%05d', $this->someColumn); // or str_pad(...)
}
}
Однако, если вам это действительно нужно на уровне базы данных, вам придется аннотировать столбец в виде строки: @Column(type="string", columnDefinition="UNSIGED INTEGER(5) ZEROFILL")