select
f.`folder`,
f.`userId`,
r.`count`
from
`folders` f
left join
(
select
`Folder`,
count(`id`) `count`
from `files`
group by `Folder`
) r
on r.`Folder`=f.`folder`
where
`userId`=16
, если вы не хотите использовать оператор group by.
У меня была похожая проблема в списке продуктов, когда я хотел подсчитать рейтинг продукта в другой таблице [1-5] и количество пользователей, которые проголосовали за этот конкретный продукт.