Проблема в том, что вам действительно нужно указать в манифесте ClickOnce, где находится файл.ClickOnce не предполагает, что место развертывания - это то, откуда приложение должно быть извлечено.Попробуйте проверить расположение на вкладке «Публикация» экрана свойств проекта.Все ли кошерное?