У меня не было времени, чтобы протестировать его или попробовать исправление, так что это все еще предположение, но, по крайней мере, на основе проверки вашего кода;)
ок, поэтому вы вставили meta viewport вВаша страница и JQM также появляются немного <meta content="width=device-width,minimum-scale=1,maximum-scale=1" name="viewport">.
Как я уже сказал - я не проверял это, но я ожидаю столкновения.Я где-то читал, что JQM должен был прекратить помещать эти метатеги ... Попробуйте немного поиграться с этим метатегом.Кроме того - посмотрите, что в заметках о выпуске alpha4 или 4.1 (в блоге) есть что-то о окнах просмотра.