Eclipse IDE для Scala должен работать с STS. Я только что попробовал это с версией 2.6.1.RELEASE (идентификатор сборки 201105041000).
Убедитесь, что вы не выбрали JDT Weaving for Scala при установке плагина Scala. Компонент ткачества JDT уже предоставляется STS (хотя и более старой версией). Плагин Scala поставляется с более новой версией, которая расстраивает плагин AspectJ (входит в STS).
Еще проще, вы можете использовать панель инструментов, страницу «Расширения». Вы можете проверить IDE Scala оттуда, и он правильно пропускает плагин JDT для ткачества.
Если у вас есть другие проблемы, используйте список рассылки (scala-ide-user@googlegroups.com) или отправьте заявку.