Я бы сказал, даже не беспокойтесь о его решении. Просто примите слияние, предполагая, что файл класса является единственным конфликтом, используя git merge branch -Xtheirs
Это объединится как обычно, но примет все изменения из ветви, из которой вы сливаетесь, без проверки на конфликты.
Кроме того, вы можете разрешить конфликт вручную, если вы чувствуете себя лучше.
С этого момента больше не будет конфликтов с файлами .class, поскольку вы добавили запись в .gitignore.