Флаг только для чтения может быть сброшен любым пользователем, имеющим доступ для записи. Если это все, вам просто нужно установить атрибуты файла. Однако, если ACL файлов блокирует вас (и легко создать ACL, который не позволяет администраторам), ваши параметры более ограничены.
Начните с выяснения, почему файл продолжает работать только для чтения, потому что, если что-то еще обновляет файл, вам придется координировать действия с этим другим процессом, в противном случае могут возникнуть всевозможные проблемы.
Лучший способ узнать, что происходит с файлом - Process Monitor из SysInternals .