Я создал новый проект Basic MSI, добавил фиктивную функцию и компонент и создал его с несколькими аргументами -z, когда вы их набирали, и он работал для меня без проблем. Я посмотрел на выходную таблицу свойств MSI, и значения были там, как и ожидалось.
Получаете ли вы какие-либо ошибки в лог-файле?
BYW, IsCmdBld - это нормально, но когда вы попадаете в более сложные сценарии сборки, вы можете по достоинству оценить использование поддержки InstallShield MSBuild и интерфейса COM Automation для запуска ваших сборок.
Например, я считаю, что гораздо проще сделать этот бит XML, чем знать, как передавать аргументы -z в какой-нибудь EXE.
<PropertyGroup>
<InstallShieldProductVersion>$(MSIProductVersion)</InstallShieldProductVersion>
</PropertyGroup>
<ItemGroup>
<InstallShieldPropertyOverrides Include="$(CustomLongProductVersion)">
<Property>APP_VERSION</Property>
</InstallShieldPropertyOverrides>
<InstallShieldPropertyOverrides Include=" Customer ID Version $(CustomLongProductVersion)">
<Property>APP_COMMENTS</Property>
</InstallShieldPropertyOverrides>
</ItemGroup>