Я не знаю, относится ли это больше к делу, но здесь говорится:
document.Close(ref Missing, ref Missing, ref Missing);
app.Quit(ref Missing, ref Missing, ref Missing);
PS: это для Microsoft Word.Я полагаю, что то же самое может быть достигнуто с другими приложениями, использующими метод Quit.