Это довольно широкий вопрос, и кажется, что здесь может пригодиться какое-то прибегание к помощи Google.
При этом я бы посмотрел на Highcharts.Это библиотека JavaScript, которая рисует графики на основе входных данных, которые можно легко сгенерировать с помощью PHP.
В настоящее время я использую ее с приложением Ruby on Rails, и она работает очень хорошо.