В зависимости от того, какую версию используемой вами версии SQLLDR вы можете использовать ключевое слово FILLER, чтобы пропустить поле из файла.
Приведенная ниже инструкция пропустит второе поле в файле.
LOAD DATA
TRUNCATE INTO TABLE T1
FIELDS TERMINATED BY ','
( field1,
field2 FILLER,
field3
)