То, что вы обычно делаете только с одной картой, это глобальная переменная, обычно называемая картой, которая знает, в каком div показывать вашу карту, и эта переменная используется, когда вы хотите манипулировать картой, например, ставить на нее новые маркеры илиzoom.
Я могу себе представить, не испытав этого, что решение вашей проблемы будет иметь две глобальные переменные, map1 и map2, которые содержат ссылку на две карты, созданные в их собственных div.
Вы используете map1 для хранения ваших маркеров, а в вашем EventListener для маркеров вы указываете, что при нажатии setCenter и setZoom должны вызываться для map2.Это должно решить вашу проблему так, как я ее вижу.