mupdf.c - это оболочка нативного кода, а функция, которая может быть вызвана кодом Java, должна иметь префикс, такой как com_artifex_mupdf_MuPDFCore.
В названии функции Java_com_artifex_mupdf_MuPDFCore_openFile, com_artifex_mupdf_MuPDFCore точно соответствует имени пакета Java-кода, который объявил собственные функции. Проверьте MuPDFCore.java , каждая собственная функция объявляется с помощью native ключевое слово. Затем вы можете использовать эти функции как обычные методы Java.
Кстати, mupdf НЕ является поточно-ориентированным, ваш JNI-код JNI должен быть осторожным при использовании синхронизированного. Проект с открытым исходным кодом VuDroid также является хорошим примером, чтобы узнать, как взаимодействовать с mupdf через JNI.