Из изображения, которое вы разместили, выглядит, как будто пользовательский элемент управления имеет своего рода имитируемое всплывающее окно (панель «Примечания»), являющееся дочерним элементом элемента управления UserControl. Если это так, это может объяснить отсечение, если панель «Примечания» не является частью расчетов компоновки OrderList. Подумайте над тем, чтобы сделать элемент управления Notes истинным всплывающим окном или использовать что-то вроде Expander, который при раскрытии может сообщить своему родителю (UserControl), что ему требуется больше места для рендеринга.
Стоит отметить, что контейнеры, такие как StackPanel, всегда будут «складывать» свои дочерние элементы управления (отсюда и имя), что означает, что дочерние элементы управления никогда не будут перекрываться. По этой причине установка Z-индекса на любом из его дочерних элементов не имеет смысла. Я бы предложил использовать Grid или Canvas, так как вы хотите, чтобы контейнеры перекрывали элементы управления, а затем устанавливали их Z-индекс. Кроме того, помните, что Z-Index релевантен только в контексте непосредственного родителя элемента управления, поэтому предоставление всех элементов управления Panel.Zindex = "n", как в примере выше, не будет работать.
Из того, что я вижу, эта проблема - проблема макета, а не проблема Z-индекса.