Да - проверить IAutoMappingOverride
По сути, любые отображения, которые переопределяют поведение Automapping, должны реализовывать этот интерфейс.
, например
public class MyClassMap : IAutoMappingOverride<MyClass>
{
public void Override(AutoMapping<MyClass> mapping)
{
mapping.IgnoreProperty(host => host.HostName);
mapping.Table("BobsHardware");
}
}