Что вы подразумеваете под отправкой строки в программу Java ? Является ли программа отдельным процессом?
Если это так и вам нужна синхронная связь, вы определенно можете использовать TCP-сокеты или просто UDP. Поместите сокет сервера в вашу Java-программу .
Если вы можете запустить вашу Java-программу в виде отдельного потока на сервере Tomcat, то это будет лучшее и более быстрое решение. Просто добавьте файл JAR , в котором находится ваша Java-программа , и запустите его в отдельном потоке с очередью REQUEST для взаимодействия с фильтром.