Я бы порекомендовал хранить ваши даты в качестве даты или ISODate на MongoDB, так как это облегчит вашу жизнь:)
Если это невозможно, то на стороне клиента (драйвер, зависящий от языка программирования) вы сможете проанализировать строку с подходящим типом Date.
Однако, если вам нужен запрос для запуска в оболочке mongo, вы можете следовать стратегии, аналогичной описанной в Mongo Cookbook
1) Создание переменной с текущей и вчерашней датой:
>var today = new Date();
>today
ISODate("2012-11-26T22:12:03.870Z")
>var yesterday = new Date()
>yesterday.setDate(today.getDate() - 1)
>yesterday
ISODate("2012-11-25T22:12:03.870Z")
2) Сформировать запрос для поиска документов в течение 24 часов
>db.order.find( { "ublExtensions.ublExtensions.extensionContent.Metadata.ModificationTime" : { $gte : yesterday, $lt : today } } )