Ваш вопрос очень расплывчатый (как насчет нескольких нулей в одном из внутренних списков), не стесняйтесь комментировать, если вы ищете что-то еще:
zeroes = []
for x, box in enumerate(board):
if 0 in box:
zeroes.append((x, box.index(0)))
print zeroes
С вашими заданными списками, это печатает
[(0, 2), (2, 2)]
В более короткой и более питонической версии использовалось бы следующее понимание списка:
zeroes = [(x, box.index(0)) for x, box in enumerate(board) if 0 in box]