В случае CoreData есть удобная облегченная миграция Apple. Вам просто нужно создать новую версию вашей модели данных, и во время обновления Apple просто превратит ваш старый магазин в новый. Здесь - документы.
В случае sqlite3, вы должны бросить свой собственный. Имейте новую заполненную базу данных sqlite в своем комплекте, скопируйте ее в каталог документов и затем импортируйте каждую запись с пользовательскими данными из старой базы данных в новую, внося необходимые изменения.