То, что вы видите, это то, как Firefox 4 отображает окно с предупреждением. Они пошли на минималистский взгляд.
Вы ничего не можете с этим поделать - то, как функция alert() отображает всплывающее окно, полностью зависит от браузера, и все они делают это немного по-разному.
Если вы хотите контролировать внешний вид блока, вам нужно написать свой собственный в Javascript или использовать один из сотен примеров Javascript и JQuery, написанных другими людьми, которые уже нашли, что им требуется больше гибкости, чем в стандартном предупреждении коробка может дать им.
[EDIT]
Вот сообщение в блоге, где обсуждается изменение работы окна оповещения: http://www.derekallard.com/blog/post/firefox-4-alert-boxes/
На самом деле изменилось гораздо больше, чем просто то, как это выглядит; на самом деле в FF4 он работает совсем по-другому.